Wauquiez à la tête de la région AURA finance des domaines qui ne relève pas de ses compétences (les routes ou encore les caméras de surveillance). Mais refuse de financer ce pourquoi l'Etat/Europe lui alloue des budgets à savoir le financement des trains régionaux.

En termes de maintien ou de redéveloppement de son réseau ferroviaire régional, la région Auvergne-Rhône-Alpes affiche sans doute le bilan le plus décourageant des régions françaises pour la période récente. Ont été privées de trains les sections Boën-Thiers et Oyonnax-Saint-Claude, après Laqueuille-Ussel. Cette situation suscite une levée de bouclier de douze associations ou fédérations d’associations contre, en particulier, le refus catégorique par la région, à l'ouverture des négociations du volte mobilités du contrat de plan Etat-Région de financer ou cofinancer la rénovation ou la réouverture de lignes régionales. La position du conseil régional pourrait consister à vouloir négocier le financement des infrastructures dossier par dossier hors CPER. Le volet mobilités du CPER Auvergne-Rhône-Alpes pourrait dans cette hypothèse ne pas être signé, renvoyant à une politique de négociations au cas par cas.

Tandis que la quasi-totalité des régions métropolitaines acceptent de mettre la main au portefeuille pour restaurer les « petites » lignes menacées dans le cadre des CPER, voire rouvrir des lignes neutralisées, Auvergne-Rhône-Alpes, par la voie du président de son conseil régional Laurent Wauquiez et de son vice-président chargé des Transports Frédéric Aguillera, a déclaré refuser désormais de mettre le moindre euro dans les travaux d’infrastructure, dès l'ouverture des négociation du volet mobilités du CPER. Dans un passé récent, elle avait accepté de cofinancer la belle rénovation de (Saint-Etienne) Firminy-Le Puy, de Montbrison-Boën ou d’antennes résiduelles dédiées au fret (Volvic-Le Mont-Dore…).