Sous Ubuntu il n'est pas rare que Apport détecte des problèmes qui n'en sont pas vraiment. A chaque démarrage la même popup bien chiante.
Pour identifier l'origine du problème :
cd /var/crash
ls

Pour désactiver Apport :
sudo nano /etc/default/apport
Et passer enabled à 0 :
enabled=0

Pour redémarrer apport sans redémarrer la machine :
sudo restart apport

source : http://www.binarytides.com/ubuntu-fix-system-program-problem-error/