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le 1er avril 2010 [sous Sarkozy, leur rôle ...] est de moderniser et rationaliser l'offre de soins et de veiller à la bonne gestion des dépenses hospitalières et médicales.
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Pour (tenter de) rationaliser l'offre de soins, autrement dit les dépenses hospitalières et médicales, la réforme HPST (en droit) et les ARS (dans les faits) ont largement retiré aux médecins, notamment aux chefs de service, leur pouvoir sur l'hôpital et ses services de soins, confiant ce pouvoir d'abord au directeur de l'hôpital17, et privilégiant une approche gestionnaire (par contrats pluriannuels d'objectifs et de moyens18), voire administrative, et financière plutôt qu'une approche purement médicale.
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La mise en place des agences régionales de santé a bousculé les pratiques à l'intérieur même des établissements hospitaliers. Soutenant au départ le rôle des ARS comme autant de relais locaux des stratégies sanitaires et sociales de l'État, et appuyant les établissements dans leurs choix de gouvernance, la Fédération hospitalière de France s'est régulièrement alarmée22 de l'étatisation et de la dérive bureaucratique des ARS qui imposent aux établissements des choix parfois uniquement guidés par des impératifs économiques et de rentabilité. Depuis 2010, la FHF demande que le rôle et les prérogatives des ARS soient revus23, et souligne régulièrement les dialogues difficiles entre les directions des établissements et les ARS, au point que la mission d’évaluation et de contrôle des lois de financement de la Sécurité Sociale (MECSS) le souligne à son tour et que la question soit discutée au Sénat24. Ainsi, lors d'une séance25, l'intervention de Guy Collet donne un reflet d'un bilan général des ARS très mitigé :
« Le fonctionnement des ARS est marqué par un excès de bureaucratie » […] « Les hôpitaux ont ainsi le sentiment d'une intrusion constante dans leur management et leur gestion » […] « elles doivent laisser aux professionnels le choix des voies et moyens pour atteindre ces objectifs. »
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"Les ARS n'ont "pas la bonne méthode" : face à la crise, Jean Rottner déplore une vision "purement budgétaire" "