Jhead est un utilitaire pour gérer les données EXIF sous Linux (présent dans les dépôts Debian et Ubuntu).

Dixit les commentaires :
pour trier les photos par dates : jhead -n%Y%m
pour la rotation : -autorot et -norot

Dans le même genre il existe aussi Exiftool (paquet libimage-exiftool-perl Debian/Ubuntu et paquet perl-image-exiftool sous Arch).

Un autre outil pour gérer les données Exif (GUI) : https://mat.boum.org/
(MAT: Metadata Anonymisation Toolkit )

[Edit] Quelques infos supplémentaires sur les données meta autre que Exif : http://libre-ouvert.toile-libre.org/index.php?article208/manipuler-les-meta-donnees-d-une-image